Фамилия Беньягуев — редкий случай, когда в основе, скорее всего, лежит не славянское имя или прозвище, а тюркское или арабо-персидское слово. Её разбор сразу выводит нас за пределы привычной русской ономастики. Корень «беньяг» (или «беньяк») в тюркских языках, в частности в кумыкском и ногайском, означает «маленький», «младший» или «детёныш». Суффикс «-уев» (фонетический вариант «-ев» после гласной) указывает на принадлежность: Беньягуев буквально — «сын (или потомок) Беньяга».

Исторически это отчество от прозвища Беньяг. В среде кумыков, ногайцев или других народов Северного Кавказа и Поволжья такое прозвище могли дать младшему сыну в семье, самому низкорослому мужчине или, в переносном смысле, человеку с мягким, неагрессивным характером — своего рода «мелкому» по статусу или возрасту. Сравните с распространёнными тюркскими именованиями вроде Кучук (маленький) или Кичик — Беньяг стоит в том же ряду.

В русском языке фамилия закрепилась через ассимиляцию: при записи в метрики или ревизские сказки тюркское окончание «-улы» или «-оглы» заменили на русский патронимический суффикс «-ев». Написание с «е» в первом слоге (Беньягуев, а не Баньягуев) — результат адаптации мягкого тюркского звука под кириллицу.

Географически фамилия тяготеет к Дагестану, Чечне и Ставрополью, где исторически сильны кумыкские и ногайские роды. Встречается она и у азербайджанцев, где корень «беньяк» может означать ещё и «подарок» или «благословение» — в таком случае прозвище давали долгожданному или позднему ребёнку.

Других версий, например связи с еврейским именем Биньямин (Беньямин), для этой фамилии нет: суффикс «-уев» нехарактерен для еврейских фамилий, а в тюркской среде имя Биньямин передавалось бы как Беньяминов или Беньямин-оглы. Беньягуев — чисто тюркская по корню и русская по оформлению фамилия, которая прямо говорит о прозвище предка: «малыш» или «младшенький».