Фамилия Бенардаки стоит особняком в русском ономастиконе: она не крестьянская, не дворянская в привычном смысле, а купеческая, греческого происхождения. Её носители — потомки греческих переселенцев, оказавшихся в Российской империи в XVIII–XIX веках. В отличие от подавляющего большинства русских фамилий, она не образована от имени или прозвища с помощью суффикса -ов/-ев или -ин. Это чистая фамилия-патроним на греческий лад: основа «Бенардак» (вариант греческого имени или прозвища) плюс окончание -и, указывающее на принадлежность роду.

Корень, скорее всего, восходит к греческому слову или имени, связанному с понятием «сильный», «крепкий», либо к диалектному прозвищу. Наиболее известный носитель — Дмитрий Егорович Бенардаки (1799–1870), крупный откупщик и золотопромышленник, владелец заводов и приисков в Сибири. Его предки, по одной из версий, происходили с Ионических островов или из Константинополя. Фамилия закрепилась в России именно через купеческие гильдии: греческие коммерсанты, получив российское подданство, сохраняли родовые именования без русификации.

В отличие от фамилий на -иди, -пуло или -оглу, типичных для греков Причерноморья, Бенардаки имеет окончание -и, что характерно для фамилий, оформленных по модели «сын такого-то» в новогреческом языке. С точки зрения словообразования, это редкий для русского уха случай, когда фамилия не склоняется (кроме варианта с мужским родом в именительном падеже). В документах XIX века встречаются написания «Бенардаки» и реже «Бенардак», но единый стандарт закрепился именно с конечным «и».

Географически фамилия привязана к центрам греческой диаспоры: Санкт-Петербург, Одесса, Нижний Новгород, а также к сибирским городам, где действовали предприятия Д. Е. Бенардаки. После революции часть носителей эмигрировала, поэтому сегодня фамилия встречается и в Греции, и в странах дальнего зарубежья. Среди русских фамилий она остаётся ярким маркером греческого коммерческого капитала XIX века — без примеси крестьянского или служилого сословия.