Фамилия Бендзулис — довольно редкий для России пример фамилии, образованной по балтийской (литовской или латышской) модели. Её основа — личное имя или прозвище Бендзис, которое, скорее всего, является вариантом литовского имени Бенеджиктас (Benediktas, от лат. «благословенный»). В литовском языке распространён суффикс -улис (-ulis), который придаёт фамилии уменьшительно-ласкательный или патронимический оттенок, то есть указывает на потомка человека по имени Бендзис. Таким образом, Бендзулис буквально означает «маленький Бендзис» или «сын Бендзиса».

Географически фамилия тяготеет к западным регионам бывшей Российской империи — современной Литве, Латвии, а также к пограничным областям Беларуси и Польши, где исторически были сильны балтийские говоры. В русском контексте фамилия могла появиться в результате миграций XIX–XX веков, когда литовцы и латыши переселялись в центральные губернии. Встречается она и в украинских записях, что объясняется сложной этнической картой Речи Посполитой.

Словообразовательная модель фамилии необычна для славянского уха: суффикс -улис не имеет аналогов в русском языке, поэтому носители часто сталкивались с трудностями при записи — фамилию могли русифицировать, превращая в Бендзулев или Бендзулин, но в исходном виде она сохранила балтийский облик. Социальный статус предков, вероятно, был крестьянским или мещанским — такие фамилии на -улис в Литве часто носили сельские жители, реже — ремесленники.

Если отбросить литовскую версию, есть слабая гипотеза о связи с немецким корнем Benz (как сокращение от Бернхард), но она маловероятна: немецкие фамилии в Прибалтике обычно оканчивались на -с или -ус по-другому (например, Бенц). Более правдоподобно, что Бендзулис — чисто балтийская фамилия, у которой нет славянских параллелей. В современных справочниках её нередко ошибочно приписывают к польским, но польский суффикс -улис нехарактерен — в польском было бы Бендзульский или Бендзевич.