Фамилия Бенер образована от аналогичного прозвища, которое восходит к диалектному немецкому существительному Benne, что в южных говорах имеет значение «плетеная корзина», «кровать», «колыбель». Можно предположить, что предок обладателя фамилии Бенер занимался плетением корзин и других предметов домашней утвари. Кроме того, так могли прозвать мастера по изготовлению кроваток. Согласно другой версии, фамилия Бенер образована от имени Бене с помощью суффикса –ер, указывающего на принадлежность. Имя Бене, в свою очередь, представляет собой краткую форму латинского мужского имени Бенедикт, что в переводе на русский язык означает «благословенный».