Фамилия Бенеря — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. В ней нет привычного русского суффикса (-ов, -ин, -ский), что сразу указывает на нерусскую основу или на то, что фамилия застыла в форме прозвища. Скорее всего, перед нами фамилия с молдавскими или румынскими корнями, где окончание -я часто встречается в фамилиях (например, Русу, Кожокарь, Бенеря).

Основа «Бенер» может восходить к румынскому слову «băner» — так в прошлом называли чеканщика монет или менялу. В Молдавском княжестве и Валахии это была конкретная профессия: человек, который работал на монетном дворе или занимался обменом денег. Соответственно, первый носитель фамилии Бенеря мог быть именно таким мастером. Менее вероятная, но возможная версия — связь с венгерским «béna» (ягненок) или с немецким «Bäner» (крестьянин-арендатор), но географически румынский след выглядит убедительнее.

Суффикс -я в молдавских фамилиях часто играет роль уменьшительного или указывает на принадлежность к роду (буквально «сын Бенера»). В русском языке такая модель нехарактерна, поэтому фамилия сохранила исходное звучание без адаптации через типичные суффиксы. Встречается она преимущественно на юго-западе России и в Приднестровье — в зонах исторического расселения молдаван и гагаузов.

Сословного барьера у фамилии не было: Бенеря мог носить как свободный ремесленник, так и крестьянин, получивший фамилию по роду занятий предка. В метрических книгах XIX века такая фамилия встречается в Бессарабской губернии, что подтверждает молдавскую версию. Иных достоверных трактовок — от имени Бенедикт или от славянского «беня» (бранное слово) — ономастика не поддерживает из-за отсутствия словообразовательных параллелей.