Фамилия Бенера — редкая в русском контексте, и её происхождение не лежит на поверхности. В отличие от фамилий на -ов или -ин, она не образована от славянского имени или прозвища с помощью типичного суффикса. Скорее всего, перед нами фамилия, пришедшая в русскую среду извне, и её корни стоит искать в немецком или идише.

Наиболее вероятная версия — немецкая. В немецком языке слово Bäner (от Bann) может означать «судебный пристав» или «глашатай», человека, объявляющего волю суда или местного правителя. В южных немецких диалектах встречается вариант Benner — «человек, живущий у болота» (от Benn — «трясина»). Фамилия могла попасть в Россию вместе с немецкими колонистами, которых приглашала Екатерина II в XVIII–XIX веках, особенно в Поволжье. Там фамилия могла адаптироваться, потеряв умлаут и закрепившись как Бенера.

Вторая версия — еврейская ашкеназская. Фамилия Бенера могла быть образована от сокращения «Бен-...» — «сын такого-то» на идише. Например, Бен-Арье (Бенара) или Бен-Эра. В документах Российской империи такие фамилии часто записывали на слух, и окончание -а могло появиться под влиянием местных говоров (ср. фамилии типа Бенера, Бендер). Это характерно для черты оседлости на западе империи.

Морфология фамилии проста: основа Бенер- и окончание -а, которое в русском языке указывает на женский род, но в качестве фамилии оно закрепилось и за мужчинами (как у фамилий на -а: Сковорода, Бенера). Ударение, скорее всего, падает на второй слог — БенЕра, хотя в некоторых семьях могло сместиться на первый. Суффикса, типичного для русских фамилий, здесь нет, что и подтверждает её иноязычное происхождение.

Географически фамилия встречается в России и странах бывшего СССР, но крайне редко. В дореволюционных списках её можно найти среди жителей западных губерний (Волынская, Подольская) и немецких колоний Поволжья. В современной России носители рассеяны, заметного скопления нет. В немецкоязычных странах фамилия Benner или Bäner более распространена, но форма Бенера — это именно русский вариант, возникший при записи.

Таким образом, если ваши предки носили фамилию Бенера, они могли быть либо поволжскими немцами (ремесленники, земледельцы), либо еврейскими жителями местечек на западе империи. Точное значение зависит от того, какой из этих путей ближе к вашей семейной истории.