Фамилия Бенескриптов — редкий случай, когда русская фамилия образована не от имени, прозвища или профессии, а от целого латинского выражения. Она принадлежит к небольшой, но выразительной группе «семинарских» фамилий, которые в XVIII–XIX веках искусственно создавали в духовных училищах и семинариях. Такие фамилии давали способным или просто нерадивым ученикам вместо родовых, чтобы те звучали благородно или назидательно.

Основа фамилии — латинское «bene scriptum», что переводится как «хорошо написано». В семинарской среде это была своеобразная отметка: либо преподаватель выделял ученика за отличный почерк и грамотность, либо фамилию давали в насмешку тому, кто писал особенно коряво. Второй вариант не менее вероятен — в духовных школах любили ироничные прозвища на латыни. Суффикс -ов указывает на русское усвоение: «Бенескриптов» — буквально «сын того, кто хорошо написал» или «принадлежащий к роду Бенескрипта».

В ономастике такие фамилии называют «искусственными» или «штучными». В отличие от крестьянских или дворянских, они не складывались веками в деревне, а рождались за столом семинарского начальства. Словарь Б. Унгабеуна упоминает подобные примеры: Бенедиктов (от «bene dictum» — хорошо сказано), Бенескриптов стоит в том же ряду, но встречается гораздо реже. Географически фамилия скорее всего привязана к центральным епархиям России — Московской, Владимирской или Ярославской, где было много духовных училищ.

Сословно предки Бенескриптовых почти наверняка были из духовенства: либо священники, либо дьячки, либо дети причетников. Семинарские фамилии редко выходили за пределы этого сословия, разве что в XIX веке некоторые носители переходили в светскую службу — учителями, чиновниками или врачами. Сейчас фамилия крайне редка, её носителей можно пересчитать по пальцам, и почти все они — потомки тех самых семинаристов, получивших «отличную оценку» на латыни.