Фамилия Бенесюк — яркий пример того, как по суффиксу можно безошибочно определить регион её происхождения. Окончание -юк характерно для западноукраинской, в первую очередь волынской и подольской, ономастической традиции. Это патронимический суффикс, который в украинском языке выполняет ту же роль, что русские -ов/-ев или белорусские -ович: он буквально означает «маленький» или «сын». То есть Бенесюк — это «сын Бенеся».

В основе фамилии лежит имя Бенесь — народная, разговорная форма канонического имени Венедикт (от латинского benedictus — «благословенный»). В украинском языке начальное «в» часто отпадало, а мягкое «д» переходило в «сь»: Венедикт превращался в Венесь, а затем, с потерей первого слога, — в Бенесь. Такая трансформация — не редкость: сравните с фамилиями Бенедь, Бенедюк, которые восходят к тому же корню.

Менее вероятна, но не исключена связь с польским словом benes — так в некоторых говорах называли бенедиктинского монаха. В этом случае прозвище Бенесь мог получить человек, служивший при монастыре или отличавшийся набожностью. Однако версия с личным именем выглядит предпочтительнее: патронимы на -юк в массе своей образовывались именно от крестильных имён, а не от нарицательных слов.

Социальный состав носителей фамилии Бенесюк был преимущественно крестьянским. В XVIII–XIX веках на Правобережной Украине фамилии с суффиксом -юк закреплялись за простыми людьми, в то время как шляхта чаще носила фамилии на -ский. Никаких сведений о дворянском происхождении Бенесюков нет.

Сегодня фамилия встречается в основном в западных областях Украины — Волынской, Ровенской, Хмельницкой, а также среди потомков эмигрантов в Канаде и США. В России она редка и почти всегда указывает на украинские корни семьи.