Фамилия Бенек — редкий для России случай, когда прозвище или имя перешло в фамилию почти без изменений, с минимальным суффиксом. В ней нет привычного -ов, -ин или -ский. Корень — Бен-, а -ек — это либо уменьшительный суффикс (как в словах «сынок», «лепесток»), либо остаток польской или немецкой фамильной модели.

Скорее всего, перед нами фамилия, пришедшая из немецкого или польского языков. В немецком Beneke — это одна из форм имени Бенедикт (Benedikt), где -eke — типичный нижненемецкий уменьшительный суффикс. Так могли называть младшего сына или просто ласково — в быту Бенек значило «маленький Бенедикт». В польском языке Бенек (Benek) — тоже уменьшительная форма от Бенедикт, но встречается и как самостоятельное прозвище.

Вторая, менее вероятная версия — что основа Бен- связана с еврейским именем Бен (сын) или с тюркским словом «бен» (родинка, метка). Но форма с -ек указывает скорее на славянский или немецкий ареал. Если бы фамилия была тюркской, она сохранилась бы как Бенов или Бенин.

В России фамилия Бенек встречается редко, в основном у потомков немецких колонистов, переселившихся в Поволжье при Екатерине II, или у обрусевших поляков. В XIX веке такие фамилии часто русифицировали — добавляли окончание, но здесь этого не произошло, что говорит о позднем закреплении или о том, что носители жили обособленно.

Интересная деталь: в старых польских метриках Бенек могло быть не фамилией, а прозвищем, которое давали человеку с мягким характером или маленького роста — от слова «benek» (малыш, карапуз). Со временем прозвище закрепилось за детьми и стало наследственным.