Фамилия Бенес — это не что иное, как сокращённая польско-литовская форма имени Бенедикт. Само имя восходит к латинскому benedictus, что значит «благословенный». Есть и более бытовая трактовка того же корня: «тот, о ком хорошо говорят». В старых польских и литовских метриках имя Бенедикт нередко писали и произносили как Бенес — так оно и закрепилось в виде фамилии.

Словообразовательная модель здесь простая и прозрачная: фамилия образована напрямую от имени без добавочного суффикса. В этом её отличие от множества русских фамилий на -ов или -ин. Такие бессуффиксные фамилии характерны для западных славянских и балтийских земель — Польши, Литвы, а также для западных регионов современной Беларуси.

Искать корни фамилии Бенес стоит именно в польско-литовской среде. В Речи Посполитой имя Бенедикт было распространено среди шляхты и мещан, но сама фамилия Бенес не указывает на какое-то одно сословие: её мог получить и крестьянин, и горожанин. В русском контексте фамилия встречается реже и чаще всего оказывается принесённой переселенцами с запада.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Бенес стоит в одном ряду с польскими Бенек, Бенецкий и литовскими Бенюшис — все они образованы от того же имени Бенедикт. В украинских землях эта же основа дала фамилию Бенедис.