Фамилия Бебес звучит нехарактерно для русского уха, и это первый ключ к её происхождению. В русской ономастике она стоит особняком, потому что её основа не связана ни с древнерусскими именами, ни с названиями ремёсел, ни с географическими прозвищами. Скорее всего, Бебес — это фамилия, принесённая в русскоязычную среду из других языков, и её корни нужно искать западнее или южнее славянских земель.

Наиболее вероятное объяснение — молдавское или румынское происхождение. В румынском языке слово «bebe» означает «малыш», «ребёнок», а суффикс -es (или -eș) часто образует фамилии, указывающие на принадлежность или характерный признак. Таким образом, Бебес могло быть прозвищем младшего в семье, любимца или человека с детской внешностью. Молдавские и румынские фамилии на -еш (-es) широко распространены в Бессарабии и в исторических областях, граничащих с Украиной, поэтому носители фамилии Бебес могли попасть в русские переписи именно оттуда.

Вторая версия, менее распространённая, но тоже имеющая право на существование, — тюркская. В некоторых тюркских языках основа «беб» или «бебе» может означать «предок», «старший», «глава рода». В таком случае фамилия могла возникнуть как почётное прозвище уважаемого человека. Однако эта гипотеза слабее: тюркские фамилии в русской среде чаще оформлялись суффиксами -ов/-ев, а не нулевым окончанием, поэтому версия с румынским влиянием выглядит убедительнее.

Что касается географии, фамилия Бебес встречается в основном на юго-западе России, в Краснодарском крае, Ростовской области, а также в Молдове и на Украине. Это косвенно подтверждает её причерноморское происхождение. В дореволюционных документах фамилия могла записываться по-разному: Бебес, Бебеш, Бебиш — из-за того, что звук «ш» или «с» на конце легко путали при передаче на письме.

С точки зрения словообразования, фамилия Бебес — это «чистая» основа без русского патронимического суффикса. Это значит, что она не прошла стандартную для русских фамилий обработку (типа Бебесов или Бебесин), а сохранила свою первоначальную форму. Такие фамилии часто указывают на позднее вхождение в русскую культуру, когда люди уже имели устоявшуюся фамилию на своей родине и не меняли её при переезде.