Фамилия Бебел — одна из тех редких русских фамилий, происхождение которой вызывает споры, но почти наверняка уходит корнями в прозвище или личное имя, а не в географическое название. В отличие от подавляющего большинства русских фамилий на -ов/-ев, -ин, -ский, она не имеет типичного фамильного суффикса. Это указывает на её относительно позднее закрепление или на нерусское происхождение носителя. Чаще всего такие «голые» фамилии (без суффикса) в русской среде фиксировались у выходцев из Западной Украины, Белоруссии, а также у еврейского населения, где фамилии часто давались по прозвищу отца без добавления патронимического окончания.

Самую вероятную версию даёт связь с украинским или белорусским словом «бебе» — так в диалектах называли капризного, плаксивого ребёнка, а также иногда самого младшего или болезненного члена семьи. Прозвище Бебел, образованное от этой основы, мог получить либо вечно недовольный взрослый, либо, наоборот, любимый младший сын (сравните с фамилией Малыш или Малец). В польском языке существует слово «bebel» (произносится «бэмбэл») — ребёнок, малолетка, что укрепляет эту версию для западных регионов бывшей Речи Посполитой.

Менее распространённая, но лингвистически возможная версия — происхождение от тюркского корня. В языках тюркской группы «бебе» означает «ребёнок», «малыш», «дитя». Такое прозвище могли дать в среде казаков или служилых людей, контактировавших с татарами. Однако для фамилии Бебел, которая встречается в основном в центральных и западных губерниях России, а не в Поволжье или на юге, славянская версия выглядит убедительнее.

Стоит отдельно сказать о возможной связи с именем известного немецкого революционера Августа Бебеля. Эта фамилия немецкая (Bebel) и имеет собственное происхождение — от древневерхненемецкого «babo» (отец, дед). Если русский носитель фамилии Бебел имеет немецкие корни, то его предки, скорее всего, были ремесленниками или колонистами, приглашёнными в Россию в XVIII—XIX веках. Но для большинства случаев в современной России более вероятно славянское прозвищное происхождение.

Таким образом, предки человека с фамилией Бебел, скорее всего, жили в западных или юго-западных регионах (Белоруссия, Украина, Польша) и получили прозвище по поведению или возрасту — «плакса», «малыш» или «любимчик». Фамилия не относится к дворянским или купеческим, а указывает на крестьянскую или мещанскую среду, где прозвища давались ярко и без прикрас.