Фамилия Бениаминов — яркий пример того, как церковное имя, пройдя через народную речь и канцелярию, превратилось в наследственное прозвание. В основе лежит библейское имя Вениамин (древнееврейское «сын правой руки», то есть любимый сын). Форма Бениамин — это просто более точная, книжная передача того же имени через греческое посредство (в Синодальном переводе Библии закрепился вариант Вениамин, но в церковнославянских текстах встречалось и Бениамин).

Модель образования типична для русских фамилий XIX века: имя + суффикс принадлежности -ов. Бениаминов буквально означает «сын Бениамина» или «из семьи Бениамина». Фамилия эта не крестьянская, а скорее семинарская или священническая. В духовном сословии было принято давать будущим служителям церкви «благозвучные» фамилии от имён ветхозаветных патриархов. Если предок был крестьянином, его бы, скорее всего, записали как Вениаминов — через «е». Вариант с «е» в первом слоге (Бениаминов) выдает человека, имевшего отношение к книжной, грецизированной традиции.

Встречается фамилия редко, преимущественно в среде потомков духовенства центральных губерний России. Ударение, как правило, падает на третий слог: Бениами́нов.