Фамилия Бердиус — редкий пример фамилии, которая почти наверняка не имеет славянских корней, а пришла в русский язык из финно-угорской среды или, что вероятнее, из немецкого диалектного мира. В русском ономастиконе фамилии на -ус встречаются нечасто, и обычно они указывают на искусственное происхождение (семинарские, латинизированные) либо на западное влияние.

Скорее всего, перед нами латинизированная форма немецкой фамилии Berdi или Berde. В немецком языке слово «Berd» могло быть вариантом «Pferd» (лошадь) в диалектах, но более правдоподобно, что основа восходит к личному имени Бернхард (Bernhard) в сокращённой форме Берд (Berd). В таком случае суффикс -ius — типичный для латинизации немецких фамилий в XVIII–XIX веках, особенно среди остзейских немцев или жителей городов Прибалтики. Там, в Лифляндии и Курляндии, немецкие бюргеры и пасторы нередко «облагораживали» свои фамилии, добавляя латинское окончание. Таким образом, Бердиус мог означать «потомок Берда» или «принадлежащий к роду Берда».

Есть и другая, менее вероятная версия: связь с финским словом «pertti» (изба, дом) через прибалтийско-финские диалекты. Однако суффикс -ус для финских фамилий нетипичен, поэтому версия с немецким влиянием выглядит убедительнее.

В России фамилия Бердиус встречается крайне редко, преимущественно на северо-западе — в Ленинградской области, Карелии, а также в Москве и Санкт-Петербурге. Носители, скорее всего, потомки обрусевших немцев, финнов или эстонцев, переехавших в центральную Россию в XIX — начале XX века. Сословно это могли быть мещане, купцы или пасторы — люди, имевшие контакт с письменной культурой и латынью.

Таким образом, фамилия Бердиус — не крестьянская и не древнерусская, а книжная, «кабинетная», рождённая в канцелярии или школе. Её обладатель в прошлом, скорее всего, был не крепостным, а горожанином или выходцем из Прибалтики, чей предок носил имя Берд или Бернхард.