Фамилия Бердоев образована от личного имени Бердо. Скорее всего, оно восходит к общетюркскому корню «берди» — «данный», «дар божий». Такое имя могли дать долгожданному сыну, первому мальчику в семье или ребёнку, родившемуся, когда родители были уже в возрасте. Имя выполняло роль оберега и благодарности: появление наследника воспринималось как подарок свыше.

Фамилия построена по стандартной русской модели патронимических фамилий: к основе Бердо прибавили суффикс -ев. Ударение, скорее всего, падает на последний слог: Бердо́ев. Суффикс -ев, а не -ов, указывает на то, что основа оканчивалась на мягкий или шипящий согласный — в данном случае это звук, передаваемый буквой «д» в сочетании с гласным «о» (в русской адаптации имя Бердо могло произноситься с мягким или твёрдым «д»).

Фамилия Бердоев имеет тюркские корни и распространена преимущественно среди народов Кавказа, особенно у осетин. У осетин имя Берд (или Берде) встречается как самостоятельное или в составе сложных имён. В осетинском языке «бæрд» означает «ягнёнок», и не исключено, что в основе фамилии лежит не тюркское, а местное прозвище, связанное с животноводством. Однако версия с тюркским «берди» остаётся основной: она хорошо объясняет имя как пожелание или оберег, что типично для доисламских и ранних мусульманских имён у многих тюркоязычных групп.

Встречаются варианты написания: Бердоев, Бердаев (с заменой гласного), а также Бердиев. Последняя форма — Бердиев — прямо указывает на исходное «берди» и встречается у народов Средней Азии и Кавказа. Фамилия Бердоев, с окончанием на -ев, закрепилась в русскоязычной среде и документах, где тюркские имена адаптировали к русской грамматике.

Потомки человека по имени Бердо, получив фамилию Бердоев, разошлись по разным регионам. Сегодня носители фамилии живут в России (Северная Осетия, Кабардино-Балкария, Ставропольский край), а также в Грузии и Турции. Сведений о принадлежности фамилии к какому-то одному дворянскому роду нет: это народная, крестьянская или казачья фамилия, что не делает её историю менее интересной.