Фамилия Бэрлин — редкий пример, когда немецкое географическое название стало русской фамилией, но не через прямое заимствование, а через прозвище. Основа здесь — топоним Берлин (Berlin), столица Германии. В русском языке фамилия закрепилась в написании через «э» — Бэрлин, что характерно для передачи немецкого «е» как «э» в старых документах (ср. Бэкон, Бэла). Так могли записать фамилию переселенца из Берлина или человека, имевшего с этим городом устойчивую ассоциацию — торговые связи, службу, учёбу.

Словообразовательная модель простая: чистый топоним без суффикса. В русской ономастике фамилии, образованные от названий городов без добавления -ский/-цкий, встречаются нечасто и обычно указывают на недавнее происхождение или иноязычный корень. В отличие от Берлинский, где суффикс прямо говорит «из Берлина», форма Бэрлин могла возникнуть двумя путями. Первый: немецкий переселенец, чья фамилия уже звучала как Berlin, был записан русским писарем на слух — с «э» и без изменений. Второй: русский человек получил прозвище Бэрлин за то, что побывал в Берлине или имел с ним дело (например, купец, торговавший с Пруссией, или солдат, участвовавший в Семилетней войне 1756–1763 годов, когда русские войска входили в Берлин).

География фамилии в России традиционно связана с западными губерниями и регионами, где были немецкие колонии: Санкт-Петербургская, Саратовская, Самарская губернии, а также Прибалтика. Однако встречается она и в центральной России — как след единичных прозвищ. Важно не путать с фамилией Берлин (через «е»), которая может быть и еврейской (от города Берлин как места происхождения), и немецкой. Написание Бэрлин почти всегда указывает на фиксацию в русской среде, где «э» подчёркивало иноязычное произношение.

Спорных версий здесь немного. Иногда Бэрлин пытаются возвести к немецкому Bär — «медведь» (медведь изображён на гербе Берлина), но это ложная этимология: суффикс -lin не образует фамилий от названий животных в немецком, а сам топоним Берлин, скорее всего, имеет славянское происхождение (от полабского berl — «болото»). Так что связь с медведем — красивая легенда, но не научный факт. Правдоподобнее всего считать фамилию Бэрлин результатом прозвищного или миграционного именования, закреплённого в русском письменном обиходе XVIII–XIX веков.