Фамилия Бернекер — редкая для России и явно не славянская по происхождению. Её корни ведут в немецкую языковую среду, и в отличие от большинства русских фамилий, образованных от имени или прозвища, здесь мы имеем дело с фамилией-профессией или фамилией-топонимом.

Словообразовательная модель прозрачна: основа «Bern» и суффикс «-er», типичный для немецких фамилий, указывающих на род занятий или место жительства. Первая часть восходит к средневерхненемецкому «ber» — медведь. Вторая часть «-eker» или «-acker» означает «пашня», «поле». Таким образом, Бернекер (Bernacker) в буквальном переводе — «медвежье поле». В немецкой ономастике такие фамилии часто давали человеку, чей дом или участок земли находился на поле, где водились медведи, либо рядом с местностью, носившей это название. Вторая, не менее вероятная версия, связывает фамилию с профессией: «Bärenhäuter» или «Bärenbecker» — тот, кто разделывает туши медведей, или, в более широком смысле, охотник на медведей. В условиях, когда охота на медведя была делом опасным и почётным, такое прозвище могло закрепиться за целым родом.

В России фамилия Бернекер встречается в основном среди потомков немецких колонистов, приглашённых Екатериной II в XVIII–XIX веках. Географически она тяготеет к Поволжью, Западной Сибири и Санкт-Петербургу — регионам классического расселения этнических немцев. Встречаются варианты написания: Бернекер, Бернеккер, реже Бернакер. Двойное «к» в корне — следствие адаптации немецкого произношения к русской графике.

Среди носителей фамилии есть известный филолог Эрих Бернекер (1874–1937), один из крупнейших славистов своего времени, автор «Славянского этимологического словаря». Его работы до сих пор цитируются в лингвистике. В отличие от многих искусственно переведённых на русский лад фамилий, Бернекер сохранила исходное немецкое звучание и написание, что делает её хорошим маркером для генеалогического поиска: почти наверняка предки носителя этой фамилии были выходцами из немецких земель, чаще всего из Баварии, Саксонии или Пруссии.