Фамилия Бержините — редкий для России случай, когда фамилия сохранила литовское окончание женского рода. В русском языке такие фамилии обычно склоняются по правилам существительных, но в исходной литовской форме суффикс -ите (-ytė) однозначно указывает на то, что носительница — незамужняя женщина (дочь). Мужской вариант этой фамилии звучал бы как Бержис или Бержинас, а замужняя женщина носила бы фамилию Бержинене.

Корень берж- восходит к литовскому beržas — «берёза». В литовской ономастике это одна из самых распространённых основ: фамилии Бержа, Бержис, Бержинскас означают «тот, кто связан с берёзой». Суффикс -ин- в данном случае — не русский патронимический, а литовский, образующий притяжательные прилагательные. Таким образом, Бержините буквально переводится как «Берёзовая» или «дочь Берёзового». Скорее всего, предок получил прозвище по месту жительства — у берёзовой рощи, или по занятию — например, заготовкой берёсты или дёгтя.

В Литве фамилии с суффиксом -ите составляют около трети всех женских фамилий, и для литовской традиции это норма. В России же Бержините встречается в основном среди потомков литовцев, переселившихся в XIX–XX веках в западные губернии (Ковенская, Виленская) или в Сибирь во время столыпинской реформы. Встречается также вариант написания Бержините с ударением на второй слог — это может быть результатом адаптации к русской фонетике.

Поскольку фамилия не русская, а литовская, её не стоит пытаться разложить по схеме «корень + русский суффикс». Это случай, когда этимология прозрачна, но социальный контекст иной: фамилия не указывает на сословие или ремесло в русском понимании, а просто фиксирует литовское происхождение и связь с природным объектом.