Фамилия Беспутин — один из тех случаев, когда внешне негативное прозвище легло в основу фамилии, но не обязательно указывало на дурной нрав предка. В её основе лежит древнерусское прозвище Беспута, которое напрямую связано с прилагательным «беспутный». В словарях XIX века это слово имело широкий спектр значений: от «бестолковый» и «безрассудный» до «ветреный» и «легкомысленный». Однако не стоит торопиться с выводами: на Руси такие имена-прозвища нередко давали с «охранительной» целью. Родители могли наречь ребёнка Беспутой, чтобы обмануть нечистую силу: мол, плохое имя отпугнёт злых духов, а мальчик вырастет рассудительным и благополучным. Эта народная традиция — называть детей словами с противоположным значением — хорошо известна ономастам (например, работы А. В. Суперанской). Таким образом, прозвище Беспута могло быть не приговором, а оберегом.

Словообразовательная модель проста: к основе «беспут-» добавился суффикс -а, характерный для кратких прозвищ в древнерусском языке. А фамильный суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — «Беспутин», то есть сын, потомок Беспуты. Такая модель типична для северных и центральных областей России, где фамилии на -ин особенно распространены. В южнорусских говорах чаще встречался бы вариант Беспутов, но Беспутин закрепился именно в форме с «иным» суффиксом.

Интересно, что, несмотря на кажущуюся прозрачность, фамилия Беспутин не так частотна, как её «положительные» аналоги. В переписных книгах XVII–XVIII веков носители фамилии встречаются в основном в крестьянской и посадской среде — среди тех, кто нёс прозвища, данные по поведению или внешности. Поскольку фамилия образована от прозвища, а не от церковного имени, она относится к древнейшему слою русских фамилий, возникших ещё до массовой фиксации в ревизских сказках.