Фамилия Бессилина — один из тех редких случаев, когда женская форма закрепилась в документах как основная, хотя по происхождению она, скорее всего, принадлежала женщине или была дана по матери. В русской традиции фамилии на -ин обычно образуются от основ, оканчивающихся на -а/-я: Бессилин — сын Бессилы. Но перед нами именно Бессилина, что может указывать на то, что в какой-то момент фамилию записали в женском роде (например, «вдова Бессилина») и она закрепилась за потомками без изменения окончания. Такое встречается в документах XVII–XVIII веков, где женские прозвища иногда становились фамилиями детей.

Корень фамилии — «бес-сил(а)», то есть человек, лишённый силы. Вряд ли это буквальное описание немощного человека. Скорее, прозвище Бессила давали в ироничном или охранительном смысле: чтобы злые духи не позарились на сильного ребёнка, его нарекали «бессильным». Это типичный приём народной магии имени — оберег от сглаза. В говорах слово «бессила» могло означать и слабовольного, безвольного человека, но в основе лежит именно отсутствие физической или духовной мощи.

По модели образования фамилия стоит в ряду с такими, как Бессонов, Бессчастный, Бессмертный — все они с отрицательной приставкой бес- (в древнерусском «безъ»). В отличие от фамилий на -ов/-ев, форма на -ин указывает на принадлежность к конкретному лицу: «чей?» — Бессилин, то есть потомок того, кого звали Бессила. Географически такие фамилии чаще встречаются в северных и центральных областях России, где прозвища с отрицанием были особенно распространены.

В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) прямого упоминания Бессилина нет, но её однокоренные аналоги — Бессильный, Бессилов — фиксируются. Редкость фамилии говорит о том, что она не вышла за пределы одного рода или небольшой местности. Возможно, предки носителя были крестьянами или посадскими людьми, так как дворянские фамилии такой негативной окраски практически не встречались.