Фамилия Бейбуян звучит экзотично для русского уха, и это не случайно. Её корни уходят не в славянскую, а в тюркскую языковую среду. Скорее всего, перед нами фамилия, образованная от прозвища, которое состояло из двух частей: «бей» и «буян». Первая часть, «бей», в тюркских языках означает «господин», «князь», «владыка» — титул знатного человека. Вторая часть, «буян», в русском языке имеет значение «буйный», «озорной», «склонный к ссорам», но в тюркских языках (например, в татарском) слово «буян» может означать «богатый», «обильный» или даже «праздник». Таким образом, прозвище Бейбуян могло означать «богатый господин» или «знатный буян» — в зависимости от того, какой смысл вкладывали в слово.

Словообразовательная модель здесь нестандартная для русских фамилий: отсутствует типичный суффикс (-ов, -ин, -ский). Это указывает на то, что фамилия могла быть заимствована в уже готовом виде из тюркской ономастики, либо её носители — выходцы из народов, где такие составные имена были нормой. В русской среде фамилии без суффикса (так называемые «чистые» основы) встречаются редко, чаще всего у крещёных татар, башкир или других тюркских народов, переселившихся в центральные губернии России.

Географически фамилия Бейбуян может быть привязана к регионам Поволжья, Приуралья или Северного Кавказа — территориям, где веками соседствовали славянские и тюркские культуры. Встречается она и у армян, где «бей» — также знатный титул, а «буян» могло быть личным именем. Спорных версий немного: иногда первую часть пытаются связать с «бай» (богатый), но «бей» в данном случае фонетически точнее. Правдоподобнее всего, что предок носителя фамилии был человеком заметным, возможно, местным старшиной или зажиточным хозяином, которого за характер или достаток прозвали Бейбуяном.

Написание фамилии устойчиво, без вариантов — через «е» в первом слоге. В дореволюционных документах могла встречаться запись «Бейбуянъ», но корень оставался неизменным. Носителей этой фамилии немного, что делает её редкой и сохранившей связь с исходным прозвищем без переосмысления через русские суффиксы.