Фамилия Бисекешев — редкий случай, когда основа не укладывается в привычные славянские модели, и разгадка лежит в тюркских языках. Это типичная патронимическая фамилия, образованная с помощью русского суффикса принадлежности -ев (вариант -ов после мягких и шипящих). Чтобы понять её корень, нужно отбросить окончание и суффикс: остаётся основа Бисекеш.

Скорее всего, Бисекеш — это искажённая или диалектная форма тюркского имени или прозвища. В казахском, татарском и башкирском языках есть корень «би» (бек, бий) — «князь», «господин», «начальник». Вторая часть «секеш» может восходить к слову «сәк» или «сәке» — «скамья», «возвышение», но в переносном смысле это могло означать «сидящий на возвышении», то есть человек, занимающий высокое положение. По другой версии, «секеш» — это вариант имени Секеш, которое связано с глаголом «секу» (резать, рубить) и могло быть прозвищем воина или мастера.

Наиболее правдоподобная гипотеза: Бисекеш — это сложносоставное имя Би-Секеш, где первая часть указывает на статус (бий), а вторая — на личную характеристику. В тюркской ономастике такие двукорневые имена («Бекбулат», «Бикмухамет») были распространены, и фамилия Бисекешев могла возникнуть как русифицированная форма отчества от такого имени.

География фамилии указывает на регионы с сильным тюркским влиянием: Оренбургская, Астраханская области, Башкортостан, Татарстан, а также Казахстан. Носители фамилии — потомки тех, кто перешёл из мусульманской или языческой традиции именования в православную, где фамилии на -ев/-ов закреплялись за крещёными инородцами. Примечательно, что суффикс -ев вместо ожидаемого -ов (по правилу после шипящих пишется -ев) здесь сработал автоматически, хотя исходное «ш» в основе могло быть и твёрдым. Это типичная ошибка канцеляристов XIX века, которые при записи фамилий ориентировались на слух.

В отличие от массовых фамилий вроде Иванов или Кузнецов, Бисекешев сохраняет прямую связь с дохристианским именем-прозвищем. Предки носителя этой фамилии, скорее всего, были людьми заметными в своей общине — либо старшинами, либо умелыми ремесленниками, чьё прозвище закрепилось за родом. Вариантов написания, кроме Бисекешев, практически не встречается, что говорит о поздней и единообразной фиксации фамилии в метрических книгах.