Фамилия Бисекеева — редкая и географически привязанная. Её основа, по всей видимости, восходит к мужскому имени Бисекей. Это имя, в свою очередь, имеет тюркское происхождение и состоит из двух частей: «би» (вождь, князь, господин) и «секей» (вариант имени или прозвища). В тюркской ономастике «би» — распространенный компонент, указывающий на знатность или воинское достоинство предка. Вторая часть, «секей», может быть связана с тюркским словом «сек» (прыгать, скакать) или с этнонимом «секей» — одним из венгерских племён, живших в Трансильвании, что для тюркских языков звучит не случайно.

Фамилия образована по типичной русской модели: к основе Бисекей добавили суффикс -ев (вариант -ов после мягкого согласного), а затем — женское окончание -а. Суффикс -ев указывает на принадлежность: «чей?» — «Бисекеев», то есть сын или потомок Бисекея. Женская форма Бисекеева закрепилась в паспортной системе как неизменяемая, по отцу или мужу.

География фамилии узкая. По данным открытых источников и телефонных справочников, основная масса носителей сосредоточена в Оренбургской области России и в Казахстане (особенно в Актюбинской и Западно-Казахстанской областях). Это говорит о том, что фамилия бытует в среде казахского и, возможно, татарского населения, которое исторически контактировало с русским административным учётом. Скорее всего, предки Бисекеевых были кочевниками или полукочевниками, получившими фамилию при переписях XIX — начала XX века.

Спорных версий здесь немного. Можно предположить связь с монгольским «бис» (писать, письмо) или «бисэ» (пояс), но фонетически это менее убедительно. Более правдоподобно, что имя Бисекей — личное прозвище, данное за резвость, ловкость или воинскую удаль: «прыгун», «скакун». В таком случае фамилия Бисекеева — это не просто отчество, а отражение качества предка, которое стало фамильным.

В написании фамилии встречаются варианты: Бисекеев (мужская форма), реже — Бискекеев или Бисекей (как имя). Двойное «е» в середине (Бисекеева) — результат адаптации тюркского произношения к русской графике, где гласный звук между согласными передаётся буквой «е».