Фамилия Бисекенов — редкий пример фамилии, образованной не от славянского, а от тюркского имени с помощью русского патронимического суффикса. Основа фамилии — мужское имя Бисекен. Оно, в свою очередь, восходит к тюркскому «бисек» (или «бесик») — «колыбель», «люлька». В тюркской ономастике имена, связанные с колыбелью, давали долгожданным или «последним» детям: считалось, что такое имя принесёт ребёнку покой и убережёт его от злых сил. Формант «-ен» в составе имени мог быть уменьшительным или ласкательным аффиксом, так что Бисекен — это примерно «маленькая колыбель» или «дитя из колыбели».

Русский суффикс «-ов» в фамилии Бисекенов — стандартный способ адаптации тюркских имён в русской среде. Он указывает на принадлежность: «сын Бисекена» или «из рода Бисекена». Такая модель массово закрепилась в XVI–XIX веках, когда татары, башкиры, казахи и другие народы Российской империи получали фамилии по отцу. Следовательно, предок носителя фамилии Бисекенов был человеком по имени Бисекен, скорее всего, из тюркоязычной среды.

География фамилии подсказывает её происхождение. Бисекеновы чаще всего встречаются в Казахстане и среди казахов России (Оренбургская, Астраханская области). Это указывает на казахские или ногайские корни. В казахском языке слово «бесік» (колыбель) — одно из ключевых в быту, и имя Бесікен (вариант Бисекен) до сих пор встречается как личное. Фамилия могла возникнуть и у башкир, где «бишек» означает то же самое.

Одна деталь, которая отличает эту фамилию от многих других: её основа — не профессия и не прозвище, а бытовой, почти ритуальный образ. Колыбель в тюркской культуре — символ начала жизни, уюта и защиты. Фамилия Бисекенов, таким образом, несёт в себе не социальный статус предка, а семейную историю: скорее всего, её родоначальник был младшим, поздним или особенно оберегаемым ребёнком, которому дали имя-оберег.

Писали фамилию обычно по-русски, без вариантов — через «и» в первом слоге. Встречается редко, поэтому её носители часто могут проследить свою родословную до конкретного аула или села в Западном Казахстане. Никаких известных дворянских родов с такой фамилией нет — это однозначно крестьянская или скотоводческая среда, где имя передавалось по отцу без претензий на аристократию.