Фамилия Бисекенова — яркий пример тюркской модели образования, где за основу взяли не имя и не профессию, а составное прозвище-характеристику. Первая часть, «би», — это фонетический вариант тюркского «бек» (или «бик»). В тюркской иерархии это слово обозначало князя, повелителя, господина или военного предводителя. Вторая часть, «секен» (варианты — «сейкен»), несёт значение «уважаемый, мудрый, спокойный».

Сложив две основы, получили смысловую конструкцию: «мудрый повелитель» или «уважаемый руководитель». Такие сложные прозвища давали не случайно — они фиксировали не просто должность, а личные качества человека, которого уважали в общине за рассудительность и властность. Суффикс «-ова» указывает на принадлежность: «из рода того самого мудрого бека».

Процесс закрепления фамилий у тюркских народов шёл неравномерно, и окончательно сказать, в каком именно ауле или улусе впервые записали род Бисекеновых, можно только по архивным генеалогическим выпискам. Встречаются и схожие по корню фамилии — Бесекеновы, Бикеевы, Секеновы, но именно в «Бисекеновой» сохранилась редкая двухкорневая структура, которая сразу выдаёт прозвище-комплимент, данное предку.