Фамилия Бисекенова восходит к двум словам «би» и «секен». Первое из них является фонетическим вариантом тюркского «бек» («бик»), которое в переводе с тюркского означает «князь, повелитель, начальник, руководитель, глава, хозяин, господин». Слово «секен» (фонетические варианты «секен», «сейкен») имеет значение «уважаемый, мудрый, спокойный». Таким образом, фамилия Бисекенова в буквальном смысле означает «мудрый повелитель, мудрый начальник, уважаемый руководитель». Процесс формирования фамилий был достаточно длительным, поэтому окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Бесекеновых можно лишь на основании генеалогических исследований.