Фамилия Бисингер звучит для русского уха необычно и явно указывает на нерусское происхождение. В основе её лежит немецкая модель фамилий с суффиксом -er, который в немецкой ономастике обозначает либо жителя определённой местности (по названию города или села), либо человека по роду занятий. Бисингер — это, скорее всего, верхненемецкая фамилия, образованная от топонима. Наиболее вероятная версия — происхождение от названия города Бизинген (Bisingen) в земле Баден-Вюртемберг, на юго-западе Германии. В этом случае фамилия буквально означает «выходец из Бизингена» или «тот, кто родом оттуда». Такие фамилии-«переселенцы» были очень распространены в немецкоязычных землях: человека, переехавшего в другой город или регион, называли по месту его прежнего жительства.

Вторая, менее распространённая версия, связывает фамилию с диалектным словом. В южнонемецких говорах «Bis» может означать «укус» или «кусание», а суффикс -er указывает на деятеля. Теоретически Бисингером могли прозвать человека с резким, «кусачим» характером или того, кто занимался какой-то работой, связанной с этим действием (например, пастуха, отгоняющего собак). Однако эта версия уступает топонимической: фамилии, образованные от названий населённых пунктов, встречаются в немецком ономастиконе гораздо чаще личных прозвищ с таким корнем.

История бытования фамилии в России связана с периодами активного переселения немцев в империю. В первую очередь — с приглашением колонистов при Екатерине II во второй половине XVIII века. Немцы из юго-западных земель оседали в Поволжье, Новороссии, а позже — в Закавказье. Бисингеры могли быть среди тех, кто основал колонии на Волге. В советское время фамилия претерпела типичную для российских немцев трансформацию: написание и произношение русифицировались, ударение могло сместиться на второй слог (Би́сингер или Бисси́нгер — встречаются оба варианта). В современной России фамилия остаётся редкой и компактно встречается в регионах традиционного проживания российских немцев: Омская, Новосибирская области, Алтайский край, а также в крупных городах, куда мигрировали потомки колонистов.

Словообразовательная модель проста: немецкая основа (топоним или прозвище) + агентивный суффикс -er. Русского патронимического суффикса (-ов, -ин) фамилия не получила, что и выдаёт её иноязычное происхождение. По сословной принадлежности предки-носители этой фамилии в России с высокой вероятностью относились к крестьянам-колонистам или ремесленникам; дворянских родов с такой фамилией в российских родословных книгах не зафиксировано.