Фамилия Биушкин — одна из тех, где за простым звучанием скрывается редкая диалектная основа. Она образована от прозвища Биушка, а то, в свою очередь, восходит к вологодскому глаголу «биушкаться» — «бодаться». Эта глагольная форма необычна: суффикс -ушк- в прозвищах встречается реже, чем стандартные -к- или -ок, и придаёт слову оттенок ласкательности или, наоборот, ироничной уменьшительности. Скорее всего, Биушкой называли человека с крутым нравом — драчливого, задиристого или просто упрямого, как баран. В северных говорах бодание часто ассоциировалось не столько с физической агрессией, сколько с несговорчивостью и упрямством, так что прозвище могло характеризовать не обязательно буяна, а скорее человека, которого трудно переубедить.

Есть и другая, менее вероятная версия: Биушка — прозвище пастуха. В этом случае основа та же, но значение смещается от черты характера к роду занятий: пастух, который гоняет скот, мог получить прозвище по действию, которое он постоянно совершал или наблюдал. Однако ономастический словарь Б. Унбегауна не фиксирует фамилию Биушкин, что указывает на её локальный характер — она могла возникнуть и закрепиться в узком ареале Вологодской или соседних областей. Фамилия образована по стандартной модели на -ин: суффикс присоединяется к основе на -а, указывая на принадлежность («чей?» — сын Биушки). Таким образом, Биушкин буквально означает «потомок Биушки». В отличие от фамилий на -ов, которые типичны для центра России, -ин чаще встречается на севере и северо-востоке, что косвенно подтверждает вологодское происхождение прозвища.