Фамилия Близнеченко — это вариант фамилии Близняченко, где чередование гласных е/я возникло под влиянием исторических процессов в языке. Чаще всего её связывают с прозвищем Близняк, образованным от украинского «близня» или польского, белорусского «близняк» — то есть «близнецы». Прозвище указывало на родственные отношения: возможно, предок был одним из двойняшек или сам был отцом близнецов, хотя последняя версия менее вероятна. В среднерусских говорах «близняком» называли соседа или товарища — доброго, отзывчивого человека или того, кто жил по соседству. Есть и другая версия: прозвище могли дать по украинскому «близна» — «рубец, след от раны», то есть человеку со шрамом. Суффикс -енко в фамилии типичен для украинской модели: он означал «сын» или «потомок», так что Близнеченко буквально понималось как «сын Близняка». В исторических записях встречаются родственные фамилии: у С. Б. Веселовского упоминаются Близняков Никон Иванович (1514 г., Ярославль) и Григорий Иванович Близнаков (дьяк Поместного приказа, 1681/82 г.). Эти примеры показывают, что основа бытовала в разных формах на протяжении нескольких веков.