Фамилия Боберендит — редкий случай, когда русская по форме фамилия почти наверняка имеет нерусское происхождение. Если отбросить суффикс, то основа «Боберенд» не встречается ни в древнерусских именах, ни в старых прозвищах. Скорее всего, перед нами пример адаптации иноязычной фамилии к русскому окончанию на -ит. Наиболее правдоподобная версия — немецкое или еврейское происхождение. В немецком языке существует фамилия Boberendt или Boberend, где «Bober» — это вариант написания «Biber» (бобёр), а суффикс «-endt» может быть искажением «-er» или частью сложной фамилии. В таком случае Боберендит — это русифицированная форма немецкой фамилии, к которой добавили типичное русское окончание -ит по аналогии с фамилиями вроде Гольдшмидт → Гольдшмидит.

Другая версия отсылает к еврейским фамилиям, образованным от названий животных. В идише «бобер» — это бобр, а окончание «-ендит» могло возникнуть при записи фамилии в документах Российской империи. Чиновники часто меняли окончания, чтобы фамилия звучала «по-русски», добавляя -ов, -ин или -ит. Таким образом, исходная фамилия могла быть Боберенд или Боберент, а в метрических книгах превратилась в Боберендит.

Суффикс -ит в русских фамилиях встречается редко. Обычно он указывает на польское или украинское влияние (например, Дембицкий, но не Дембит), либо на искусственное канцелярское образование. Для фамилии Боберендит суффикс -ит не несёт значения принадлежности (как -ов или -ин), а просто закрепил написание. Географически фамилия почти не встречается в современных базах данных, что говорит о её крайней малочисленности. Если предки носителя жили в черте оседлости или в немецких колониях Поволжья, происхождение скорее всего немецкое или еврейское. Прозвище «бобёр» в русской среде могло дать фамилию Бобров, но никак не Боберендит — это лишний раз подтверждает, что корень здесь не русский, а заимствованный.