Фамилия Бодуговский — один из тех случаев, когда внешне прозрачная форма скрывает за собой несколько возможных путей происхождения. На первый взгляд, перед нами типичная фамилия на -ский, характерная для польской, украинской и белорусской шляхты, а также для русского духовенства. Однако корень «Бодуг» не встречается в обиходе, и это заставляет искать объяснение в географии или в искажённом личном имени.

Самая вероятная версия — топонимическая. Фамилию могли получить выходцы из населённого пункта с названием Бодуги, Бодугово или Бодуговка. Такие топонимы встречаются в западных регионах бывшей Речи Посполитой — на территории современной Беларуси, Украины или восточной Польши. Окончание -ский как раз и указывает на связь с местом: «тот, кто из Бодугов». В этом случае фамилия могла принадлежать как мелкому шляхтичу-землевладельцу, так и крестьянину, переселившемуся в другую местность.

Вторая версия — происхождение от прозвища или имени. Корень «Бод-» может восходить к древнерусскому «бодрый» (живой, энергичный) или к глаголу «бодать» (колоть, толкать). В таком случае прозвище Бодуг могло означать «колючий», «задиристый» человек. Суффикс -уг- в прозвищах встречается реже, чем -ак или -ун, но он возможен: например, от «бодать» — Бодуг, как от «вилять» — Вилюг. Тогда Бодуговский — это уже «сын Бодуга» или «принадлежащий роду Бодуговых», но с полонизированным окончанием, что типично для западнорусских земель.

Нельзя исключать и вариант, что перед нами фамилия семинарская. В духовных училищах XVIII–XIX веков ученикам часто давали искусственные фамилии, образованные от редких слов или переведённые на латынь. Однако «Бодуговский» не похож на типичные латинизированные или грецизированные формы (типа Сперанский, Беневоленский). Скорее, это «бытовая» фамилия, закрепившаяся естественным путём, а не придуманная в семинарии.

С социальной точки зрения, фамилия на -ский в Российской империи чаще указывала на дворянское или духовное происхождение, но в XIX веке её могли носить и разночинцы, и мещане. Без генеалогических изысканий сказать, к какому сословию принадлежали первые Бодуговские, невозможно — слишком размыт след. Ясно одно: фамилия редкая, и её носители, скорее всего, связаны с западной частью исторической Руси, где переплелись польские, украинские и белорусские влияния.