Фамилия Бодугин — редкий образец русской фамилии, образованной не через стандартный суффикс -ов/-ев, а через -ин. Суффикс -ин в русской ономастике обычно присоединялся к основам, оканчивающимся на -а или -я (сын кого? — Бодуги). Это сразу указывает на то, что прозвище или нецерковное имя предка звучало как Бодуга.

Корень «бод-» в русских говорах многозначен. Самая прямая версия — от глагола «бодать» (бодаться). В этом случае Бодугой могли прозвать человека с крутым нравом, любителя спорить или задиру, который «лезет в драку, как бык». Подтверждение находим в диалектных словарях: в псковских и тверских говорах «бодуга» — это бодливая корова или, в переносном смысле, упрямый человек. Менее вероятна, но возможна связь с диалектным «бодрый» (бодун, бодяга) — здесь значение могло сместиться к «живой, подвижный, непоседливый».

Вторая версия, которую нельзя сбрасывать со счетов: основа могла быть не славянской, а заимствованной. В тюркских языках есть слово «бодык» (или «бодуг») со значением «небольшой, короткий». Если предок был невысокого роста, его могли прозвать Бодугой — и тогда фамилия попадает в ряд прозвищ по физической особенности (как Малыш, Коротков). Однако для русского уха такое прозвище звучало бы чужеродно, и скорее всего его бы переосмыслили в сторону «бодающегося».

Географически фамилия Бодугин тяготеет к центральным и северным регионам России, где суффикс -ин особенно распространен (в отличие от южных областей, где чаще встречаются фамилии на -ов). Встречается она нечасто, что говорит о локальном происхождении от одного прозвища, закрепившегося за родом в каком-то одном селе или уезде.

Таким образом, Бодугин — это потомок человека по прозвищу Бодуга, скорее всего, бойкого и неуступчивого. Фамилия сохранила в себе живую черту характера предка, и в этом её главная ценность для историка семьи.