Фамилия Бодугина — женская форма мужской фамилии Бодугин. Её основа восходит к нецерковному имени или прозвищу Бодуга. В русских говорах слово «бодуга» имело несколько значений. В одних диалектах так называли растение борщевик или дудник — высокую траву с толстым стеблем. В других — бодугой, или бадугой, называли нарост на дереве, кап, который ценился мастерами за прочность и красивый рисунок древесины.

Однако самое вероятное объяснение лежит в сфере прозвищ по характеру. Глагол «бодать» дал множество производных: бодливый, бодучий. Прозвище Бодуга могли дать человеку упрямому, драчливому или тому, кто постоянно лез в споры. По модели, когда суффикс -уг- превращает глагол в существительное (ср. «питух» от «пить», «секун» от «сечь»), Бодуга — тот, кто бодается, то есть задира. В таком случае фамилия Бодугин (а с ней и Бодугина) — это «сын (или дочь) Бодуги», потомок задиристого предка.

Менее распространённая, но возможная версия связывает фамилию с топонимом. В Тверской и Псковской областях встречаются деревни с названием Бодугино. В этом случае фамилия могла произойти от названия места, где жил человек, — «бодугинский» крестьянин, переселившийся в другую местность.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Бодугин — чей? — Бодугин. Это типичная модель для русских фамилий, образованных от личных имён и прозвищ, оканчивающихся на -а или -я. Фамилия Бодугина, таким образом, нередкая по структуре, но довольно редкая по корню, что делает её интересным объектом для локальных генеалогических исследований.