Фамилия Бодягина образована от прозвища Бодяга, которое восходит к аналогичному нарицательному, значение которого В.И. Даль в «Толковом словаре живого великорусского языка» определяет как «водяное растение, от трения им бывают подтеки и ссадины на теле, которые он и излечивает; внутрь дают от золотухи». Однако это слово имело и другие значения: так в некоторых говорах называли «игрушечку, небольшую вещицу для забавы», «долгие пустые рассуждения; болтовню». Бадяжником на Руси называли шута, шутника, проказника, затейника, весельчака. Также возможно, что именование Бодяга этимологически связано с глаголом «бодяться», который имеет значение «шататься, бродить, слоняться». Вероятнее всего, именование Бодяга указывало на особенности характера и поведения его носителя. Однако не исключено, что Бодягой назвали человека, который занимался изготовлением или продажей лекарственных средств из растения бодяги. Веселовского записаны люди с подобными именованиями: Логгин Бодяга, крестьянин, 1624 год, Курмыш; Федот Бодягин, крестьянин, 1539 год, Новгород. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Бодяга, со временем получил фамилию Бодягин.