Фамилия Бодякин образована от прозвища или имени Бодяка. Основа «Бод-» в русских говорах многозначна, но в данном случае ключевой оказывается связь с глаголом «бодать» — колоть, толкать рогами. Прозвище Бодяка могли дать человеку с упрямым, настырным характером, который «лезет как бык», или тому, кто часто ввязывался в ссоры. Реже основой могло послужить слово «бодяга» (так в некоторых диалектах называют болотную траву или водоросль) — тогда прозвище носило бытовой, «растительный» характер и относилось к человеку, жившему у болота или занимавшемуся заготовкой травы.

Суффикс «-ин» указывает на патронимическое происхождение: Бодякин — «сын Бодяки». Это одна из самых распространённых моделей русских фамилий (как Пушкин, Ильин). В отличие от суффикса «-ов», который чаще встречается на севере и в центре России, «-ин» характерен для южных и западных регионов, а также для фамилий, образованных от основ на -а/-я. Таким образом, предок носителя фамилии, скорее всего, был выходцем из южнорусских земель (например, Курской, Орловской, Тамбовской губерний) или из областей, граничащих с Украиной.

Фамилия Бодякин — редкая: она не входит в список самых распространённых русских фамилий, но имеет несколько однокоренных «родственников»: Бодягин, Бодяев, Бодяков. Интересно, что в некоторых старообрядческих семьях встречается вариант Бодякин с ударением на второй слог (Бодя́кин), что может указывать на сохранение архаичного произношения прозвища. В целом, фамилия недворянская, крестьянская или мещанская, что подтверждается её «прозвищной» природой и отсутствием в родословных книгах знатных родов.