Фамилия Бодякшин — редкий пример, где в основе лежит не имя и не профессия, а растение, причём в диалектной форме. Корень здесь — «бодяк» или «бодяга»: так в ряде русских говоров (особенно северных и сибирских) называют колючие сорные травы, чаще всего осот или чертополох. Человек по прозвищу Бодяк или Бодяга — это либо тот, кто жил на заросшем бурьяном месте, либо, что вероятнее, обладатель колючего, неуживчивого характера. Прозвище давали не за внешность, а за поведение: «колючий», как сорняк.

Модель образования типична для русского Севера и Поволжья: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей сын?» — Бодякшин). Это патроним, но не от крестильного имени, а от прозвища. В отличие от фамилий на -ов, которые чаще встречаются в центральных и южных областях, -ин характерен для северных и восточных территорий. По картам расселения фамилия сегодня встречается в Пермском крае, Кировской области и в Удмуртии — как раз в зоне бытования слова «бодяк» в значении «чертополох».

Стоит отметить, что существует омонимичный вариант — Бодягин, от того же корня, но с другим суффиксом. Бодякшин же — форма более редкая, с «шипящим» переходом: г/к перед -ш-. Такое чередование (Бодяга — Бодякшин) встречается в северных говорах и говорит о том, что прозвище бытовало в устной речи задолго до того, как его зафиксировали в документах.

В словаре Веселовского «Ономастикон» фамилия не зафиксирована, что подтверждает её локальный и достаточно поздний характер — скорее всего, она оформилась не раньше XVII века, когда прозвища на -а/-я стали массово переходить в фамилии. Никакого отношения к бодяге (пресноводной губке) или к глаголу «бодяжить» (мешать, разводить) фамилия не имеет — это случайное созвучие.