Фамилия Бодякшина — женская форма от Бодякшин, и её разбор стоит начать не с корня, а с суффикса. Суффикс -ин указывает на принадлежность: в основе фамилии лежит прозвище или имя Бодякша, а сама фамилия буквально значила «чей? — Бодякшина», то есть «дочь или жена Бодякши». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ с конечным -а или -я: Бодякша → Бодякшин.

Основа Бодякша, скорее всего, восходит к диалектному слову «бодяк» — так в южных и центральных говорах России называют осот, чертополох, колючее сорное растение. Прозвище Бодякша могли дать человеку колючему, неуживчивому, с трудным характером, либо, наоборот, тому, кто жил у зарослей бодяка или обрабатывал такие земли. В ономастике встречаются параллели: фамилии Бодягин, Бодякин, Бодяк — все они восходят к тому же корню, что подтверждает народную прозвищную основу, а не крестильное имя.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с тюркским или финно-угорским субстратом, где «бодяк» могло означать что-то вроде «маленький, короткий» или быть личным именем. Однако для фамилий на -ин, бытующих в центральной России, славянская этимология убедительнее: географически Бодякшины встречаются в основном в Поволжье и на Урале, где диалектное слово «бодяк» хорошо известно.

Сословная принадлежность предков Бодякшиных не восстанавливается без конкретных архивных записей, но суффикс -ин характерен для фамилий крестьян и мещан, реже — для дворянских (там чаще встречаются -ов/-ев). Если в основе прозвище, а не имя, то фамилия, скорее всего, формировалась в среде простого народа, где прозвища были обычным делом. Таким образом, носительница фамилии Бодякшина может считать, что её предок получил прозвище от колючего растения — либо по характеру, либо по месту жительства.