Фамилия Бодулина — женская форма, а её мужской вариант Бодулин относится к группе так называемых «полуотчества»: фамилий, образованных суффиксом -ин от основ на -а/-я. В этой модели суффикс указывает на принадлежность: «чей?» — Бодулин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Бодуля.

Корень здесь — бод-, который в русских говорах дал несколько значений. Самое вероятное исходное слово — «бодуля»: так в псковских и тверских диалектах называли бодливую корову или, переносно, упрямого, драчливого человека, который «бодается». Менее распространённая версия связывает основу с глаголом «бодать» (колоть, тыкать) — тогда прозвище мог получить тот, кто работает с колющим инструментом, например бондарь или плотник. Третья, более редкая гипотеза — происхождение от имени Богдан через сокращение: Богдан → Бодя → Бодуля, но это предположение менее надёжно, так как уменьшительные формы от Богдана обычно звучат как Бодя, Бодька, а не Бодуля.

Фамилия Бодулин (и Бодулина) встречается прежде всего в центральных и северных областях России — в Костромской, Вологодской, Кировской областях, где диалектная лексика с корнем бод- сохранилась лучше, чем на юге. В документах XVI–XVII веков фамилий на -ин с основой на -уля было много: они образовывались от прозвищ, описывающих характер или поведение человека. Так что предок современных Бодулиных, скорее всего, получил своё прозвище за неуступчивый нрав — «бодучий», как бык.

В написании фамилии возможна путаница с Бодулиной через «а» (Бадулина) — в некоторых говорах безударное «о» произносилось как «а», но в орфографии закрепился именно вариант с корнем бод-, что и подтверждает этимологию.