Фамилия Бодуля — редкая, и её происхождение вызывает споры. Скорее всего, в её основе лежит прозвище, образованное от диалектного глагола «бодать» или «бодуля». В русских говорах «бодуля» (или «бодюля») — это бодливая корова или, в переносном смысле, упрямый, своенравный человек, который «бодается» — спорит, лезет в драку, не уступает. Такое прозвище могли дать задиристому или настойчивому предку.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с западнославянскими языками. В польском, чешском или белорусском языках «bód» (удар) или «bóść» (бодать, колоть) также давали основу для прозвищ. В этом случае Бодуля могла быть адаптацией польской фамилии Bodula, которую принесли переселенцы с запада.

Фамилия образована по модели с суффиксом -я, характерным для прозвищ (сравните: Кудря, Вертя, Гуля). Такие формы часто закреплялись без дополнительных патронимических суффиксов (-ов, -ин), что указывает на более раннее или просторечное происхождение. Встречается фамилия преимущественно в западных регионах России, на Украине и в Беларуси, что поддерживает обе версии — и диалектную русскую, и западнославянскую.

В отличие от более распространённых фамилий типа Бодалов или Бодягин, Бодуля сохранила исходную прозвищную форму почти без изменений. Это говорит о том, что предок носителя фамилии, вероятно, был крестьянином или ремесленником, а фамилия закрепилась в деревне, где прозвище было на слуху. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.

Таким образом, Бодуля — это фамилия-характеристика, которая прямо указывает на поведение или внешность предка. Носитель такой фамилии мог получить её за упрямство, бойкость или, в шутку, за любовь к спорам.