Фамилия Бодулинская — женская форма от Бодулинский, и её разумнее всего рассматривать как производную от географического названия. Модель на -ский/-цкий в русской традиции почти всегда указывает на связь с местом: владельческое село, поместье или место рождения первого носителя. Скорее всего, предок носителя фамилии владел землёй или жил в населённом пункте с основой Бодулин- — например, в деревне Бодулино или Бодулинка. Такие топонимы встречаются в центральной России, но чаще — в западнорусских и белорусских землях, где фамилии на -ский особенно распространены среди шляхты и духовенства.

Основа фамилии восходит к прозвищу или имени Бодула. Это уменьшительная форма от крестильного имени Богдан (Богом данный) или от славянского имени Бодислав (бодать — толкать, бить + слава). В белорусском и украинском языках слово «бодуля» может означать «колючка», «шип» или «упрямый человек» — от глагола «бодать» (бодаться). Таким образом, первый Бодулинский мог получить прозвище за колючий нрав или внешнее сходство с репейником.

Суффикс -ин- в основе Бодулин- типичен для русских притяжательных прилагательных (чей? — Бодулин сын). Получается: Бодула → Бодулин (сын Бодулы) → Бодулинский (выходец из села, принадлежащего Бодулиным). Двойной суффикс — сперва -ин, потом -ск — не редкость: так образовывались фамилии от названий владельческих деревень, где сначала фиксировалось имя владельца (Бодулино — деревня Бодулы), а затем — фамилия переселенца оттуда.

Фамилия редкая, не встречается в массовых списках дворянства или купечества. Это говорит о том, что Бодулинские — скорее потомки однодворцев или мелкопоместной шляхты, не попавшей в официальные родословные книги. В современных базах фамилия чаще всего фиксируется на западе Брянской области и в Смоленской области — регионах, исторически связанных с Великим княжеством Литовским, где фамилии на -ский носили даже крестьяне, получившие землю от пана.

Если отбросить географическую версию, остаётся маловероятное объяснение через искусственное происхождение: семинарская фамилия от латинского «bodulus» (кишка, колбаса) — но это уже натяжка, так как духовные фамилии обычно образовывали от церковнославянских или греческих корней.