Фамилия Богданонов — редкий случай двойного суффикса в русской ономастике. В ней сразу два патронимических показателя: -ан- и -ов-. Обычно фамилии на -анов (Иванов, Степанов) образуются от имени с суффиксом -ан: Иван, Степан. Но здесь основа «Богдан» уже сама по себе является полным именем, а не производной формой. От Богдана напрямую образуется Богданов — самая частая фамилия от этого имени. Богданонов же — это вторичная форма: сначала от имени Богдан сделали полуотчество Богданон (по модели «чей сын?» — Богданонов), а затем добавили ещё один суффикс принадлежности.

Такая конструкция встречается только в тех регионах, где была сильна традиция «двойного отчества», особенно на Русском Севере, в Поморье и в некоторых частях Вятской губернии. Там могли сказать «он Богданонов сын», то есть внук Богдана, и это закрепилось как фамилия. Другая версия — что Богданон было самостоятельным прозвищем или именем, но источники его не фиксируют. Правдоподобнее считать, что перед нами фамилия-«внучество»: деда звали Богдан, отца — Богданович или Богданон, а внук уже стал Богданоновым.

Значение корня прозрачное: Богдан — «Богом данный». В старину это имя давали ребёнку, рождённому в большой праздник, по обету или после долгого бесплодия. Предки носителей фамилии Богданонов были, скорее всего, крестьянами или посадскими людьми, а не дворянами — двойной суффикс в аристократических фамилиях почти не встречается. Географически фамилия редкая, встречается точечно: в переписях XIX века её можно найти в Архангельской и Вологодской губерниях, а также среди старообрядцев Забайкалья, куда северян переселяли.

Словообразовательная модель здесь — главная загадка. Она показывает, что русская фамилия не всегда шла по прямому пути от имени к отчеству. Иногда в ней оседал целый слой родственных связей, и Богданонов — как раз такой случай: три поколения в одной фамилии.