Фамилия Богиньский звучит по-польски, и это первый ключ к её разгадке. Типичный суффикс -ский (в мужском роде) и окончание -ий указывают на шляхетское или, как минимум, землевладельческое происхождение. В Польше и на западе бывшей Речи Посполитой фамилии с таким суффиксом чаще всего образовывались от названий поместий или местечек. Основа здесь — Богинь (Bogini), то есть предок мог быть владельцем или жителем села, которое так называлось. Такие топонимы встречаются в Польше, например, деревня Богиня (Boginia) в Лодзинском воеводстве, и в Беларуси, где есть деревня Богинь в Брестской области.

Слово «богиня» в славянских языках — прямой родственник «бог», но не стоит спешить с выводами о языческом культе. Скорее всего, название поселения связано с именем или прозвищем Богиня. В старопольском и древнерусском языках Богиня — это уменьшительно-ласкательная форма от имени Богдан (Богом данный) или Богуслав. Так могли называть ребёнка, а потом это личное имя перешло на усадьбу. В итоге фамилия Богиньский означает «тот, кто из Богини» или «происходящий от Богини».

Встречаются варианты написания: через «и» (Богиньский) и через «ы» (Богыньский), что характерно для польской орфографии, где «y» читается как твёрдое «ы». В русских документах фамилию часто русифицировали, заменяя окончание на -ский, но оставляя корень без изменений. Носители фамилии — это, вероятно, потомки мелкой шляхты или крестьян, получивших фамилию по месту жительства после отмены крепостного права. Географически фамилия тяготеет к западным регионам: современная Польша, Западная Беларусь и Украина, а также потомки эмигрантов в США и Канаде.