Фамилия Богиня — редкий случай в русской ономастике, когда в основе фамилии лежит слово женского рода. Обычно фамилии образовывали от мужских имён, прозвищ или названий профессий мужского рода: от Кузнец пошёл Кузнецов, от Медведь — Медведев. Здесь же основа — нарицательное «богиня», то есть женское божество в языческих или политеистических культах.

Словообразовательная модель нестандартна. Если бы фамилию создавали по самому распространённому правилу, от «богиня» следовало бы ждать форму Богинин (суффикс -ин, как у Маринин, Светин) или, притягивая мужской род, Богинев. Но фамилия закрепилась в виде чистого нарицательного без суффикса — Богиня. Такое встречается, но редко: например, фамилия Сова (от птицы) или Роза (от цветка). В этом смысле Богиня стоит в одном ряду с ними, а не с массовыми фамилиями на -ов/-ев.

Чем могло быть мотивировано такое прозвище? Самая вероятная версия — мирское имя или прозвище, данное ребёнку или взрослому в языческой или двоеверной среде. На Руси до христианизации и в первые века после неё были распространены имена-обереги и имена, отражавшие красоту, силу или божественное покровительство. Богиня могло быть ласкательным или уважительным прозвищем для женщины, которую считали необычайно красивой, статной или мудрой. Менее вероятно, что фамилия связана с культовой практикой — например, служением при капище, — поскольку для таких случаев обычно использовали мужские формы (Жрецов, Волхвов).

География фамилии неширокая. Богиня встречается преимущественно в западных и южных регионах бывшей Российской империи: на Украине, в Белоруссии, в пограничных областях России. Это косвенно указывает на то, что фамилия могла сформироваться под влиянием польской или украинской антропонимической традиции, где бессуффиксные фамилии от нарицательных встречаются чаще, чем в великорусских землях.

Точное время возникновения фамилии установить сложно. Процесс закрепления прозвищ в качестве наследственных фамилий шёл в разных слоях общества с XV по XIX век. Без серьёзных генеалогических изысканий — изучения исповедных росписей, ревизских сказок, метрических книг — определить, когда именно предок получил такое прозвище, невозможно. Однако сам факт, что фамилия сохранила форму женского рода, говорит о её относительной древности: в более поздние периоды унификация фамилий по мужскому роду была уже жёстче.