Фамилия Богмацера — редкая и неоднозначная, её разбор требует обращения к нескольким языковым пластам. В основе, скорее всего, лежит сложение двух корней: «Бог» и «мацер». Если с первым корнем всё относительно ясно (отсылка к Богу, божественному), то второй — «мацер» — вызывает вопросы. Самая правдоподобная версия связывает его с украинским или польским диалектным словом «мацати» (щупать, ощупывать, искать на ощупь). В таком случае прозвище Богмацера мог получить человек, который «ищет Бога» — то есть глубоко верующий, богомольный, возможно, странник или монах. Менее вероятно, но тоже возможно, что «мацер» — это искажённое «мацур» или «мацура» (в некоторых говорах — «неряха», «растрёпа»), тогда прозвище носило бы ироничный оттенок.

Суффикс «-а» в окончании типичен для украинских и польских фамилий, образованных от прозвищ (сравните: Непийвода, Гуляйполе). Он указывает на то, что фамилия закрепилась в форме именительного падежа единственного числа, без типичного русского суффикса принадлежности (-ов, -ин). Это говорит о западнорусском или малороссийском происхождении рода. Географически фамилия тяготеет к Волыни, Подолью и западным областям Украины, где были сильны польские и украинские ономастические традиции.

Встречается вариант написания «Богмацера» с ударением на втором или третьем слоге, что может влиять на толкование. Если ударение на «е» — форма ближе к глагольной основе (мацати). Если на «а» — возможно, в основе лежит личное имя Мацей (польская форма Матфея), тогда «Богмацера» — это «Божий Мацей», что также логично для прозвища, данного по имени.

Сословная принадлежность носителей неясна — фамилия не даёт подсказок ни о дворянстве, ни о крестьянстве. Скорее всего, предки были свободными крестьянами или мещанами, получившими прозвище за характерный образ жизни или поведение. В современной России фамилия встречается единично, чаще — на Украине и в Польше, что подтверждает её западное происхождение.