Фамилия Богмацеров — один из тех редких случаев, когда основа сложена из двух корней, но при этом не имеет отношения к божественному или священству. Первая часть «Бог-» здесь не от слова «Бог», а от личного имени Богдан (Богом данный). Вторая часть «-мацер» — искажённое или диалектное «мастер». В старых говорах, особенно на юге России и Украины, слово «мастер» нередко произносили как «мацер» или «мацар», отсюда и прозвище Богдан Мацер — то есть Богдан-мастер, умелец.

Суффикс «-ов» указывает на притяжательную форму: Богмацеров — буквально «сын Богмацера». Модель образования классическая для русских фамилий XVI–XVII веков: прозвище отца (Богмацер) превратилось в фамилию потомков. Заметно, что прозвище было двусоставным и записывалось слитно — характерная черта южнорусских и украинских фамилий, где имя и прозвище срастались в одно слово (ср. Богомолов, Богушевский).

Географически фамилия тяготеет к бывшим землям Войска Донского и югу Центральной России. В метрических книгах XIX века Богмацеровы встречаются в станицах и слободах, где сильно было влияние малороссийских говоров. Первые носители, скорее всего, были ремесленниками: кузнецами, плотниками, столярами — мастерами, чьё прозвище закрепилось за родом.

В отличие от фамилий, образованных от церковных имён (Боголюбов, Богоявленский), Богмацеров имеет бытовую, профессиональную основу. Имя Богдан в народной среде было распространено, а добавление «мацер» конкретизировало человека: не просто Богдан, а Богдан-умелец. Со временем прозвище стало фамилией, и связь с мастерством стёрлась, оставив лишь звуковой облик, который сегодня кажется загадочным.