Фамилия Богодица — редкий случай, когда личное имя или прозвище, связанное с религиозной сферой, застыло не в привычной форме вроде Боголюбов или Богородский, а в уменьшительно-ласкательном варианте. В основе лежит слово «Бог» или «Богодан» (Богом данный), но с суффиксом -иц(а), который в русских фамилиях встречается нечасто. Обычно этот суффикс образует фамилии от женских прозвищ или названий жён по мужу (Попадья — Попадица), но здесь, скорее всего, мы имеем дело с прозвищем, данным человеку: «Богодица» — как ласковое, почти домашнее обращение к богомольному, кроткому или просто очень набожному человеку. В южнославянских языках, особенно в болгарском и сербском, «богодица» — это прямое обращение к Богородице (ср. Богородица), но в русской среде такое звучание могло закрепиться за выходцем из этих земель, либо за человеком, получившим прозвище по празднику или иконе.

Возможна и вторая, более прозаичная версия: фамилия могла возникнуть от редкого канонического имени Богодар или Богодан, где вторая часть под влиянием диалектного произношения редуцировалась до «Богодица». Однако в пользу прозвища говорит суффикс -иц(а), который в русской антропонимии чаще указывает на ласкательную или уменьшительную форму, а не на прямое имя. Носители фамилии Богодица в исторических документах встречаются преимущественно в южнорусских и украинских губерниях — на территориях, где было сильно влияние церковнославянской книжности и народного почитания Богородицы.

Словообразовательная модель проста: основа «Богодиц-» + окончание -а. Фамилия не склоняется по мужскому роду традиционно (Иван Богодица), но в женском варианте остаётся неизменяемой. Социально фамилия не указывает на принадлежность к духовенству — скорее на крестьянское или мещанское происхождение, где прозвище давалось по яркой черте характера или обстоятельству рождения. Сравните с однокоренными, но более частыми фамилиями: Богодаев, Богомолов, Богоявленский — Богодица стоит особняком как редкий пример «ласкового» религиозного прозвища, не перешедшего в стандартную патронимическую форму на -ов.