Фамилия Богодин — одна из тех, что на первый взгляд кажутся прозрачными, но при ближайшем рассмотрении ставят перед выбором. Самая очевидная версия — связь со словом «бог». Однако на деле фамилия образована не напрямую от имени Бога, а от краткой формы одного из крестильных имён, входивших в эту смысловую группу.

В основе фамилии лежит имя Богодан, Богоданный — то есть «данный Богом». Это древнерусское нецерковное имя, которое давали ребёнку, вымоленному у высших сил, долгожданному. В быту такое имя легко сокращалось до Богода или Богда (сравните: Иван — Ивана, Пётр — Петра). От формы Богода с помощью патронимического суффикса -ин и возникла фамилия Богодин. Суффикс -ин указывает на принадлежность: буквально «чей?» — «сын Богоды». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от имён, оканчивающихся на -а или -я (Сорокин, Ильин, Пушкин).

Менее вероятно, хотя и возможно, происхождение от прозвища Богода — человека, которого считали «божьим», блаженным или, наоборот, набожным до крайности. В этом случае фамилия закрепилась бы за родом, где предок получил такое прозвище за свой характер или поведение.

С географической точки зрения фамилия не привязана к одному региону — её носители встречаются в центральных областях России, на Урале и в Сибири, что говорит о достаточно давнем распространении. В документах XVII–XVIII веков можно встретить крестьян и посадских людей с именем Богода, но сама фамилия Богодин, судя по сохранившимся записям, оформилась не позднее XVIII столетия.

Интересно, что фамилия Богодин стоит в одном ряду с более частыми Богдановым, Богдашиным и Богодаровым. Все они восходят к одному корню, но различаются суффиксами и полнотой исходного имени. Богодин — более редкий вариант, сохранивший архаичную краткую форму, которая в современном языке почти не употребляется.