Фамилия Богодюк — редкий пример украинской фамилии с прозрачной, но неочевидной основой. Она образована по типичной для западных регионов модели: к корню добавляется суффикс -юк, который в украинском языке указывает на потомка или принадлежность к роду. Мужчина, носивший прозвище Богод, мог быть основателем фамилии, а его дети или внуки стали Богодюками — «внуками или потомками Богода».

Что стоит за самим прозвищем Богод? Это не полное имя, а, скорее всего, усечённая форма от сложного имени Богдан. В украинской традиции в быту часто отсекали второй корень: Богдан превращался в Богод, а его носителя звали Богодь (с мягким знаком) или Богод. В пользу этой версии говорит и то, что фамилии на -юк от полных имён встречаются реже: обычно брали именно сокращённую форму. Таким образом, Богодюк — это потомок человека по имени Богод (Богдан).

Альтернативная, менее вероятная версия связывает фамилию с диалектным глаголом «богодити» (богатеть, жить в достатке) или с прозвищем Богодя — так могли назвать зажиточного, богобоязненного или, наоборот, нерадивого хозяина. Но в ономастике принято опираться на самую частотную модель, а усечение имён в украинской антропонимии — явление массовое. Фамилии вроде Богданюк, Богданчук, Богданец широко распространены, и Богодюк стоит в том же ряду, только с более короткой основой.

Географически фамилия привязана к Волыни, Галичине и Полесью — там, где суффикс -юк встречается у каждого второго. В России Богодюки почти не встречаются, зато в Ровненской, Тернопольской и Львовской областях Украины фамилия фиксируется в сельсоветах и метриках. При этом она остаётся немногочисленной: по данным переписей, носителей меньше тысячи, что делает её не массовой, но вполне узнаваемой в локальных сообществах.

Словообразовательная модель фамилии — чисто украинская, без примеси польских или русских суффиксов. В документах XIX века встречаются варианты написания Богодюк и Богодюк (с ударением на последний слог), но в современном украинском языке закрепился первый вариант. Поскольку фамилия происходит от имени, а не от профессии или места, сословной привязки у неё нет: Богодюками могли быть и крестьяне, и мещане, и священники — всё зависело от того, кем был конкретный Богдан.