Фамилия Боховкина — женская форма, а мужская, соответственно, Боховкин. В основе фамилии лежит прозвище или мирское имя Боховка. Разберём эту неочевидную основу.

Корень «Бох-» сразу наводит на мысль о вариации имени Богдан или его краткой формы Бохан, Бохно. Однако суффикс «-овк(а)» в основе указывает на другой путь образования. В русских говорах слово «боховка» могло означать небольшую деревянную посуду, кадку или бочонок. Скорее всего, прозвище Боховка дали бондарю, который делал такие бочонки, или же человеку плотного, «бочкообразного» телосложения. Вторая, менее вероятная версия связывает фамилию с диалектным «бох» — так в некоторых регионах называли лягушку или, реже, хвастуна (от «бахвалить»). Но форма на «-овка» тяготеет к предметному значению.

Сама фамилия образована по продуктивной модели: сначала от прозвища Боховка возникло притяжательное прилагательное «Боховкин» (чей? — сын Боховки), которое затем закрепилось как фамилия. Суффикс «-ин» указывает на принадлежность, характерную для северных и центральных областей России. Фамилия редкая, встречается в основном в Воронежской и Липецкой областях, что может указывать на южнорусское происхождение прозвища. По сословию предки Боховкиных, скорее всего, были крестьянами или ремесленниками-бондарями — фамилия не дворянская и не купеческая, о чём говорит «просторечная» основа с бытовым значением. Однокоренных фамилий мало, и все они локальны: Бохов, Боховкин, Боховский — все они восходят к разным формам одного корня, но Боховкина стоит особняком из-за характерного суффикса «-к-», придающего прозвищу уменьшительно-бытовой оттенок.