Фамилия Боковиковы — одна из тех, где за основу взяли прозвище, а не церковное имя. Исходное прозвище — Боковик, а оно напрямую связано со словом «бок». В старину так могли назвать человека по заметной внешней черте: кривобокого, хромого на одну ногу или того, кто держал голову набок. Но есть и вторая, не менее живая версия — прозвище давали лентяю, лежебоке. В говорах «боковик» иногда значило «ленивый, тот, кто всё норовит лечь на бок».

Словообразовательная модель типична для русского севера и центра: прозвище на -ик → фамилия на -ов. Суффикс -ов присоединяли к основам, оканчивающимся на твёрдый согласный. Боковик — Боковиков. Такая схема массово работала в XV–XVII веках, когда крестьяне и посадские люди получали фамилии по прозвищу отца.

Стоит обратить внимание на редкость корня. Фамилии от «бок» встречаются, но обычно в форме Боков, Бочков или Боковой. Вариант с суффиксом -ик — Боковик — заметно реже. Он мог закрепиться в конкретной местности, где прозвище было устойчивым, а не случайным. По косвенным данным, такие фамилии чаще встречаются в Вологодской и Архангельской губерниях, где «боковиком» называли не только человека, но и боковой ветер на море, а ещё — лёгкую боковую избу в крестьянском дворе. Возможно, прозвище давали по месту жительства: тот, кто жил в боковой клети или в пристройке.

О сословной принадлежности Боковиковых ничего определённого сказать нельзя. Скорее всего, это крестьянский или мещанский род: сложные прозвищные фамилии с -ик редко встречаются у дворянства, которое чаще брало фамилии на -ский или от имён. Но точных данных нет.

В написании фамилия устойчива: Боковиков, без вариантов через «а» или «е». Ударение падает на третий слог — Бокови́ков, что тоже типично для фамилий от прозвищ с суффиксом -ик.