Фамилия Болоховцева — женская форма от Болоховцев, а та, в свою очередь, образована от географического названия. В русской ономастике это одна из самых прозрачных моделей: суффикс -ев/-ов указывает на принадлежность, а основа — на топоним. В данном случае исходное слово — «Болоховец» или «Болоховцы». Так называли жителя определённого места.

Главный кандидат на роль этого места — город Болохов (ныне посёлок городского типа в Тульской области, известный с XVI века). Житель Болохова — «болоховец», отсюда и фамилия. В пользу этой версии говорит и то, что фамилии на -ов/-ев от названий городов и сёл — массовое явление в центральной России. Человек, переехавший из Болохова в другую местность, получал прозвище Болоховец, а его дети записывались уже как Болоховцевы.

Есть и вторая, более редкая версия. В древнерусских летописях упоминаются «болоховцы» — население Болоховской земли (историческая область в верховьях Южного Буга, XII–XIII века). Эти болоховцы не подчинялись князьям и имели собственное самоуправление. Если фамилия уходит корнями в эту эпоху, то её носители — потомки жителей того самого вольного края. Однако эта гипотеза держится на допущении, что прозвище «Болоховец» сохранилось в памяти на протяжении нескольких столетий, что маловероятно без письменной фиксации. Поэтому тульский след выглядит убедительнее.

Фамилия Болоховцева — типично дворянская по форме (суффикс -ев, а не -ин), но по происхождению — крестьянская или мещанская. В сословном смысле она ничего не говорит о знатности: так могли называть любого, кто перебрался из Болохова. Встречается она преимущественно в Тульской, Калужской и Рязанской областях, что косвенно подтверждает связь с тульским Болоховом.